Le Elezioni Comunali 2016 si sono tenute il 5 giugno in 33 comuni della regione Molise. Per uno di questi è stato necessario tornare a votare il 19 giugno per il turno di ballottaggio.
Si è votato in un solo comune con popolazione legale superiore a 15.000 abitanti con il sistema elettorale maggioritario a doppio turno.
In sintesi, i numeri delle elezioni nella regione sono i seguenti: